|
課程名稱 |
生物學的Linux基本指令
Basic Linux Commands for Biology |
|
開課學期 |
112-2 |
|
授課對象 |
生命科學院 生命科學系 |
|
授課教師 |
麥德倫 |
|
課號 |
LS5124 |
|
課程識別碼 |
B21 U2680 |
|
班次 |
|
|
學分 |
1.0 |
|
全/半年 |
半年 |
|
必/選修 |
選修 |
|
上課時間 |
星期二7(14:20~15:10) |
|
上課地點 |
生科419 |
|
備註 |
限生農學院學生(含輔系、雙修生) 或 限醫學院學生(含輔系、雙修生) 或 限公衛學院學生(含輔系、雙修生) 或 限生命科學院學生(含輔系、雙修生)
總人數上限：25人 |
|
|
|
|
課程簡介影片 |
|
|
核心能力關聯 |
核心能力與課程規劃關聯圖 |
|
課程大綱
|
|
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
|
|
課程概述 |
本課程以生命科學系的學生為授課對象，藉由學習基本的Linux操作指令，來讓學生了解Linux下基本的文字(命令列)介面指令操作。生物資訊學與計算生物學相關套件經常建立於Linux系統下，並預設使用者具備相關知識，因此本課程的目的即為作為Linux系統下的基礎導引，對於Windows使用者，藉由Cygwin軟體來執行類UNIX系統(本身安裝Linux系統或macOS者已具備可執行系統)並學習相關系統操作。學生將學會在Linux/類Unix系統之文字(命令列)介面之基本指令操作，以期學生對未來安裝與使用生物資訊學與計算生物學中基於Linux系統之相關套件時能更容易上手。 |
|
課程目標 |
1. 透過對Linux/類Unix系統之文字(命令列)介面的基本概念進行講授與導引，使修課同學能夠具備Linux/類Unix系統之基本操作能力。
2. 藉由課堂實作練習與討論，使修課同學能夠使用文字(命令列)介面進行文件修改與篩選。
3. 以生物學相關案例說明，使修課同學能轉換問題至基本指令並進行基礎分析。 |
|
課程要求 |
● 基本電腦操作與軟體安裝能力
● 建議預修課程：無須先修課程。 |
|
預期每週課後學習時數 |
1-2小時 |
|
Office Hours |
另約時間 |
|
指定閱讀 |
|
|
參考書目 |
[1] Shotts, W. (2019). The Linux command line: a complete introduction. No Starch Press.
[2] Lakshman, S., & Tushar, S. (2011). Linux shell scripting cookbook. Packt Publishing. |
|
評量方式
(僅供參考) |
|
|
針對學生困難提供學生調整方式 |
|
上課形式 |
提供學生彈性出席課程方式 |
|
作業繳交方式 |
書面報告取代口頭報告, 口頭報告取代書面報告, 學生與授課老師協議改以其他形式呈現 |
|
考試形式 |
書面(口頭)報告取代考試 |
|
其他 |
由師生雙方議定 |
|
|
週次 |
日期 |
單元主題 |
|
第1週 |
02/20 |
課程基本介紹 |
|
第2週 |
02/27 |
Linux系統的基本介紹與操作：終端機操作與視窗介面比較 |
|
第3週 |
03/05 |
Linux系統下的基本指令與操作(1)：檔案與資料夾的操作 |
|
第4週 |
03/12 |
Linux系統下的基本指令與操作(2)：檔案的相關處理 |
|
第5週 |
03/19 |
Linux系統下的基本指令與操作(3)：萬用字元與awk |
|
第6週 |
03/26 |
Linux系統下的檔案文字編輯vim |
|
第7週 |
04/02 |
綜合練習：網站資料抓取與整理 |
|
第8週 |
04/09 |
期中考試 |
|
第9週 |
04/16 |
Shell Scripts 的寫法(1)：初探 |
|
第10週 |
04/23 |
Shell Scripts 的寫法(2)：條件與迴圈 |
|
第11週 |
04/30 |
Shell Scripts 的寫法(3)：函數 |
|
第12週 |
05/07 |
綜合練習(1)：序列特徵尋找 (條件、迴圈、函數形式) |
|
第13週 |
05/14 |
綜合練習(2)：序列特徵尋找 (變數、基本指令形式) |
|
第14週 |
05/21 |
綜合練習(3) |
|
第15週 |
05/28 |
期末專題 |
|
第16週 |
06/04 |
期末專題 |